从根本性上讲,公司是以营利性为核心的主体经济组织，始终围绕经济效益为导向，而企业化管理的事业单位则是以服务性质为主体，承担社会事务管理职能，事业单位的本质是社会事务的管理者，其组织原则与公司截然不同。
就资金来源来看,我国事业单位可分为三类：一是全额拨款的事业单位，二是差额拨款的事业单位，三是自收自支的事业单位，企业化管理的事业单位属于自收自支事业单位，这种事业单位虽然在资金管理上具有自我收支的特点，但其组织性质与公司仍有显著差异。
从组织形式来看,公司具有独立经营、自主经营的特征，具有明确的经营主体地位和S场竞争特性，而企业化管理的事业单位，虽然在运营管理上采取S场化手段，但其根本性质仍是事业单位，其所属和管理关系与一般企业有所不同。
企业化管理的事业单位并不能被归类为公司,两者在组织性质、运行机制和社会职能上存在根本性的区别。
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