第二部继续讲述了D小队成功引爆共鸣器后,马库斯和他的朋友们发现了完整地图，并通过这张地图计算出发射光子导弹的数据，他们最后杀死兰姆将军，并使用光子导弹摧毁了他的通道网络，从而阻止了兽族的入侵。
第三部则讲述了一场更大的战斗,马库斯和多姆被指派引导光子炸弹的引爆点，为了防止悲剧发生，马库斯巧妙地利用黎明之锤烧毁了一枚几乎相同的光子炸弹，导致贾辛图城的毁灭，这场战役彻底结束了战争机器二代的故事线。
整个系列以马库斯从昏迷中醒来,开始面对即将到来的敌人为主题，展现了他对拯救Sera星球的决心，而随着剧情的发展，玩家会逐渐了解到更多关于D小队成员之间复杂的友情和责任关系。
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