尼博尔山谷恢复平静后，奥日、纳鲁、古莫以及黑子遗留下的一颗蛋组成了新的家庭，那颗蛋孵出了一只可爱的小猫头鹰，被取名为库，库的身体天生残疾，无法飞翔，奥日想出了一个巧妙的方法，他将母亲的遗物——黑暗的羽毛绑在了库的残疾翅膀上,这样库就能飞翔了。
库带着奥日飞向山谷的天空，环绕着清水流淌的银之树，掠过宏伟的掘之山，最终飞到了大海的另一边，在海边，他们遇上了一场突如其来的风暴，奥日和库在风暴中失散，流落到一片未知的森林中，奥日在风雨中醒来，遇到了当地的莫基族小生物，还有可怕的巨狼豪尔，通过使用火把击退豪尔，奥日独自探索森林,直到来到一棵与他曾经拯救尼博尔山谷的精灵之树相似的美丽树前。
这棵树教会了奥日光剑术，莫基族的族长意识到奥日可能是精灵，决定带他前往见沼泽守护者夸洛克，在一番艰难的旅程后，奥日终于找到夸洛克，夸洛克告诉他，库可能掉进了静谧森林中，而这片森林曾因萤火碎裂而陷入衰落，奥日被引导前往泉源，修复水磨坊,恢复森林的水质。
泉源的水磨坊被触手怪卡住，奥日登上磨坊顶部，发现齿轮停转的原因是一只怪物挣脱齿轮而出，清水喷涌而出，奥日急忙逃离，水磨坊恢复运转，森林的水质得以修复，随后，奥日前往静谧森林,发现史雷克正在破坏莫基们的木屋。
奥日成功救下库，他们飞离森林，却在最后关头被史雷克抓住，史雷克将奥日击飞，库为了保护奥日献出生命，古莫和纳鲁在尼博尔山谷找不到奥日的踪影,决定跨海寻找。
奥日醒来后回到夸洛克地穴，莫基族找回了库的遗体，夸洛克哀悼库的不幸，同时揭示了由于萤火碎裂，尼文森林遭遇的多难时局，奥日了解到，只有将萤火恢复完整，森林才能恢复生机，库才能复活,森林之声碎片指引他们前往各个方向寻找碎片。
在南边的午夜地穴，奥日驱逐了黑暗的力量，拯救了蜘蛛女王莫拉及其一族，在东边的光之池，奥日与夸洛克开战，最终击败了夸洛克，北边的鲍尔之触中，奥日被困在雪崩中，幸有碎片唤醒了守护者鲍尔，西边的沙漠中，奥日找到最后一块碎片——森林之心。
森林之心揭示了精灵的命运，精灵是光的化身，能够驱散**，拥有萤火的精灵可以化身为精灵神树，守护一方安宁，奥日收集了所有碎片，萤火重归完整，光芒照亮森林,驱散了沙暴。
史雷克也在森林中虎视眈眈，作为**力量的受害者，史雷克从小就畸形，被族人排斥，父母化为石像，她逐渐变得残暴，对光怀有深深的憎恨，大肆破坏森林,奥日在精灵神树前与史雷克展开了最终的决战。
奥日击败了史雷克，她蜷缩在父母的雕像下，渴望获得一丝温暖，奥日拥抱着光明，森林被光芒照亮，纳鲁和古莫赶到，目睹库的复活，奥日成为了尼文的新守护神，而库、纳鲁、古莫则在尼文森林开始了新的生活。
在一个寂静的夜里，一片发着光的小叶片从奥日树上飞走了······