世界著名的沃森顿公司研发了一款能够治疗“变种基因”的药物，使得变种人首次获得了自主选择命运的机会：是选择回归普通人类的生活，还是继续保持超凡的能力并远离人群，从而成为异类，这一选择权并非完全自主，因为军方科学家通过离间手段,让人们对变种人产生了恐惧和憎恨。
X教授和X特警面临着巨大的压力，他们试图说服变种人们接受和平共处的原则，但现实却让他们难以做出决定，在万磁王眼中，这个局面正是他施展阴谋的最佳时机，他利用强大的力量组建了一个变种人军队，意图颠覆沃森顿公司,并最终统治人类世界。
在这个紧张动荡的时代背景下，X战警们必须应对多重挑战：人类对变种人的厌恶、内心的挣扎以及万磁王的强大诱惑，最危险的敌人便是死里逃生的琴格雷，她的独特能力——心电感应、隔空取物和瞬间移动——使她成为X战警阵营中最难对付的存在，为了生存，琴格雷的个性也发生了巨大变化，甚至发展成了邪恶的“黑凤凰”，面对人类、变种人乃至整个世界的威胁，X战警们只能孤注一掷,竭尽全力阻止悲剧的发生。
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