彩蛋，就像电影中隐藏的惊喜一样，让观众们更加期待剧情的发展，在《蜘蛛侠：英雄远征》中，彩蛋不仅增加了故事的趣味性，也让观众对角色有了更深入的理解。
彩蛋是杰克·科比，一位家庭的司机，一位“接送孩子们上学的老司机”，当他得知管家在客厅看到自己时，感到非常震惊，这部电影揭露，这不是蜘蛛侠，而是福特车司机杰克，是影片真正的英雄。
彩蛋涉及到电影中的音乐和服装，电影中播放了《I WILL ALWAYS LOVE YOU》的歌曲，学生们制作的悼念视频中出现了钢铁侠、黑寡妇、美国队长和幻视，幻视的形象比较模糊，主要是幻视经常飘在空中，电视台的摄像机拍不到。
在斯塔克的飞机上，小蜘蛛在调试战斗服，哈皮说“你负责战衣，我负责音乐”，飞机里响起的音乐是《钢铁侠1》中最经典的那一幕的BGM，AC/DC《Back in Black》。
彩蛋还涉及到蜘蛛侠的朋友，贝蒂（贝蒂·布兰特）是校园电视台主持人，金发少女，她在电影中成为了蜘蛛侠的好基友耐德的女朋友，旧版《蜘蛛侠》三部曲中第三部中，贝蒂还出现在“号角日报社”，是报社的秘书。
耐德和闪电是蜘蛛侠的好朋友，他们在电影中谈恋爱，并且在漫画中，贝蒂的初恋是彼得·帕克，嫁给耐德之后婚姻不幸，后来改嫁给了闪电·汤普森，也就是电影里经常欺负彼得·帕克的这个人，这个人在漫画里后来变成了毒液特工。
彩蛋还包括梅姨和哈皮，梅姨在灭霸响指之后也“blip”了，所以五年之后容颜不改，还和哈皮搞起了“暧昧”。《蜘蛛侠-英雄归来》中，大家曾经怀疑梅姨喜欢托尼·斯塔克，这样看来，醉翁之意不在酒。
梅姨主持的募捐活动横幅上写着"Food, Shelter, Hope"，让人想到漫画中的流浪汉救助组织F.E.A.S.T..哈皮叔叔，作为《钢铁侠1》《钢铁侠2》的导演，哈皮不光是小蜘蛛的叔叔，更是漫威电影的叔叔，没有他就没有钢铁侠，所以通过眼神，哈皮看的小蜘蛛就像在看亲侄子，满满的亲情炸裂。
而在斯塔克的飞机上，小蜘蛛调试战斗服的画面像极了当年托尼调试钢铁侠战甲的画面，亲儿子实锤。
彩蛋还包括美队、小辣椒、黑寡妇，美队是在电影一开始，同学们制作的短片出现了美队，但电影中没有表达美队去了哪里，两种可能，第一是彻底隐退，第二未来美队还可能出现，黑寡妇是斯嘉丽·约翰逊曾经主演电影《黑色大丽花》，小蜘蛛在欧洲度假开启前，曾和耐德讨论送给MJ什么礼物，最终确定去找一朵“黑色大丽花”，他觉得和MJ气质很配。
小辣椒是哈皮去募捐活动，手里拿着一张巨大的支票单，签字是Pepper Potts，也就是小辣椒。《钢铁侠2》托尼就已经把整个公司交给了小辣椒负责打理，小辣椒——斯塔克救济基金会，联合创始人与董事长，这个组织也曾《复联2》中曝光。
彩蛋还包括尼克局长，电影中哈皮不止一次提到，不要挂断尼克·弗瑞的电话，不要拉黑他的电话......原因是小蜘蛛非常直接，《蜘蛛侠-英雄归来》里，曾经挂断过钢铁侠的电话。
片尾第二个彩蛋构成了整个故事的二次反转，局长并非真身，而是由斯科鲁人假扮，所以也就可以理解为什么当小蜘蛛问为什么不让惊奇队长来时，他“不要提她”。
有人说尼克局长身在天剑局（S.W.O.R.D.），针对这个说法，你怎么看？
彩蛋还包括神秘客，神秘客帮助托尼研制了虚拟现实项目，但被托尼看穿，逐渐演变成科学狂人，在电影里是这样的。
彩蛋还包括元素众，别的不说，就说形象，有人说电影中出现的金木水火土和漫画中的元素众做对应，看过漫画的都知道，漫画里的元素众张这个样子，电影里变成了那个样子，这种对应方式......好吧，忍了！
彩蛋还包括其他，片尾第一个彩蛋，明眼人一下就看出来了，在电视上主持人正是旧版《蜘蛛侠》的报社老板。
小蜘蛛一行人在意大利入住的酒店名叫“DEMATTEIS”致敬的是漫画作品《蜘蛛侠·克雷文最后的狩猎》，哈灵顿先生曾经出现在《无敌浩克》中，官方证实，这俩人就是一个人。
蜘蛛人去荷兰，大概是因为蜘蛛人的演员叫“荷兰弟”（汤姆·霍兰德Tom Holland），电影特意安排了一段在荷兰的段落，小蜘蛛还船上了荷兰男足的经典橙色运动服。
眼镜E.D.I.T.H，意思为"Even Dead, I'm The Hero"（即使死了，我也是英雄）。
电影中没有斯坦·李客串参演的电影，但是片尾鸣谢了两个人——斯坦·李与史蒂夫·迪特克，他们是蜘蛛侠的创始人，都是在2018年去世。