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反复加热：在长时间存放过程中，果汁会经历自然冷却或加温的过程，这将使果汁内部的温度逐渐升高，从而引发微生物（包括微生物代谢过程中产生气体的原核细胞如乳酸菌、酵母菌等）的活动，这些微生物在适宜条件下，如温度适中、营养物质充足等，可以通过线粒体中的氧化还原反应（有氧呼吸或无氧呼吸）产生二氧化碳。
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气泡来源：果汁中含有丰富的果糖和葡萄糖，这两种还原糖作为细胞呼吸和厌氧发酵过程的重要原料，尤其是参与有氧呼吸的水果如苹果、橙子、草莓等，通过糖酵解酶的催化，将葡萄糖转化为乳酸或乙醇，而在这个过程中会产生大量的二氧化碳，果糖在脱水果皮、植物组织等暴露在空气中时,也会释放出一部分葡萄糖和果糖分解为二氧化碳。
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发酵阶段：无论是在自然环境中还是在家庭日常生活中储存果蔬的过程中，发酵过程都会发生在糖类化合物转化为其他形式的过程中，例如淀粉→麦芽糖→葡萄糖等,在这个过程中会产生大量的二氧化碳。
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果汁成分影响：当果汁暴露在空气中的温度较高且氧气含量较低的情况下，果糖和葡萄糖会被氧化，同时氧气被吸收进入细胞，导致短时间内内部分解产生大量的二氧化碳，在糖类分解过程中，会产生少量的氨基酸、有机酸等产物,它们同样会产生二氧化碳。
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影响口感与品质：长时间放置的果汁可能会变质，口感和味道发生改变，这是因为长期储存的氧气和二氧化碳会对果汁中的某些成分（如维生素C、有机酸等）产生破坏作用,使其失去营养价值和口感风味。
果汁存放时间较长后，其内产生大量气泡的原因主要源于微生物的生命活动、果糖和葡萄糖的氧化降解以及糖类代谢过程中的生成二氧化碳等多种因素相互作用的结果，随着储存环境的改变和持续变化，果汁的口感和品质可能会受到一定的影响，如果需要延长果汁的保质期或者保存果汁的口感，请考虑采取适当措施，如添加防腐剂、保持低温、避免直接阳光直射等方式,以减缓果汁的氧化进程并延长其保质期。